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污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。
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